گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس در خصوص نقاط قوت این طرح به مواردی چون عدم گسترش حوزه منابع انسانی و بهره‌گیری از ظرفیت‌های جاری وزارتخانه و رعایت سیاست‌های کوچک‌سازی تشکیلات دولت و عدم تحمیل بار مالی و مدیریت امکانات و ابنیه و تجهیزات موجود، تاکید دارد.
همچنین در این گزارش در خصوص نقاط ضعف طرح تفکیک وزارت راه و شهرسازی، با بیان این مورد که دلایل یک فوریتی بودن طرح بیان نشده، عنوان شده است که الزام به تفکیک و تشکیل وزارتخانه‌های جدید پیش از تعیین تکلیف در خصوص شرح وظایف و مأموریت‌ها مناسب نیست. معطل ماندن دو وزارتخانه پس از تفکیک بدون مشخص بودن شرح وظایف و منتظر ماندن تا ۶ ماه برای تعیین تکلیف از طریق لایحه دولت خلاف نظام اداری صحیح بوده و لذا مغایر با بند ۱۰ اصل «۳» است. ضمن انکه علیرغم آنکه در مقدمه و دلایل توجیهی به تمرکز و یکپارچگی موضوعات مسکن و شهرسازی و مدیریت شهری پرداخته شده، لیکن در ماده واحده و تبصره‌ها این مهم که به نظر از مهم‌ترین دستاوردهای تفکیک است، مشاهده نمی‌شود.
در گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی پیشنهاداتی نیز ارائه شده است مبنی براینکه ماده واحده طرح تفکیک وزارت راه و شهرسازی به این شرح اصلاح شود؛ ظرف مدت شش ماه از تاریخ تصویب این قانون، با رعایت بند «د» ماده ۲۹ قانون مدیریت خدمات کشوری (مصوب ۸ مهر ۱۳۸۶) با اصلاحات و الحاقات بعدی و مواد ۱۰۴ و ۱۰۵ قانون برنامه پنجساله هفتم پیشرفت جمهوری اسلامی ایران (۱۴۰۳ - ۱۴۰۷)، با تفکیک اهداف، مأموریت‌ها و وظایف مربوط به بخش حمل‌ونقل از «وزارت راه و شهرسازی»، وزارت «حمل‌ونقل» تشکیل شود و این وزارتخانه به وزارت «مسکن، شهرسازی و مدیریت شهری» تغییر نام می‌یابد.
همچنین تبصره۱ به این گونه اصلاح شود؛ دولت موظف است حداکثر ظرف شش ماه از تاریخ لازم‌الاجرا شدن این قانون، اقدام قانونی لازم را به شرح ذیل انجام دهد؛ تغییرات در شرح وظایف، اهداف و اختیارات هر یک از وزارتخانه‌های جدید و موسسات، سازمان‌ها و شرکت‌های تابعه را با رویکرد متمرکزسازی نقش‌های سیاست‌گذاری و تنظیم‌گری و همچنین تجمیع حوزه‌های فعالیت اصلی هر یک از وزارتخانه‌ها شامل مسکن، شهرسازی و مدیریت شهری، توسعه منطقه‌ای، حمل‌ونقل درون و برون شهری، آماد و پشتیبانی (لجستیک)؛ همچنین تبصره ۲ نیز به این شکل اصلاح شود: کلیه نیروی‌انسانی، امکانات و اموال مورد نیاز وزارتخانه‌های «مسکن، شهرسازی و مدیریت شهری» و «حمل‌ونقل» از نیروی انسانی، امکانات و اموال وزارت راه و شهرسازی و مؤسسات، سازمان‌ها و شرکت‌های تابعه آنها تأمین می‌شود.
گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس همچنین توضیح می‌دهد که لازم است پیش از اجرایی شدن تفکیک، به دولت یک مهلت زمانی برای تغییر و تعیین شرح وظایف وزارتخانه‌های جدید (موضوع تبصره ۱) داده شود. ضمن انکه با توجه به پیشینه ادغام که بخش راه و ترابری در بخش مسکن و شهرسازی ادغام گردید، پیشنهاد می‌شود به همین ترتیب به جای تفکیک دو وزارتخانه، بخش حمل‌ونقل از بخش مسکن و شهرسازی منتزع شود. همچنین مبنای طرح، مقدمه و دلایل توجیهی بر یکپارچگی مدیریت در حوزه مسکن، شهرسازی، مدیریت شهری و حمل و نقل درون و برون شهری بنا نهاده شده و انتظار می‌رود این مهم در عنوان وزارتخانه‌های جدید منعکس گردد.
زمان و هزینه بر است؛ تجربه نشان داده که در دهه‌های اخیر، ادغام یا تفکیک وزارتخانه‌ها عمدتاً به شکل ظاهری و صرفاً در سطح مدیریت‌های کلان و مقام وزارت صورت گرفته و تحولی بنیادین در ساختار و عملکرد این وزارتخانه‌ها به دنبال نداشته است. بنابراین، تفکیک این وزارتخانه‌ها باید با توجه به سیاست‌های کلی اصلاح نظام اداری، چابک‌سازی و کوچک‌سازی در معاونت‌ها و مدیریت‌های هر دو حوزه، به‌طور هدفمند صورت گیرد. بدین‌سان، مجموعه معاونت‌های وزارتخانه‌های جدید نباید از مجموع معاونت‌های فعلی فراتر رود و در عین حال، باید در نظر گرفته شود که هر معاونت جدید با تجمیع حوزه‌های مرتبط در وزارت کشور و سازمان برنامه و بودجه هماهنگ و هم‌راستا باشد و همزمان بهترین زمان برای تحقق اهداف و سیاست‌های کلی و قوانین از جمله ماده ۱۰۴ برنامه هفتم پیشرفت در چابک سازی دولت است تا هم معاونت و مدیریت‌ها و شرکت‌ها و سازمان‌های داخلی ادغام شوند و هم حیطه‌های فعالیتی مرتبط در سایر دستگاه‌ها به ساختار جدید دو وزارت ملحق و مکمل و هم‌افزا شوند.
گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس می‌افزاید با توجه به ضرورت یکپارچگی سیاست‌های حوزه‌های مسکن و شهرسازی و حمل‌ونقل، همچنین با توجه به اصول اساسی سیاست‌های کلی نظام در امور «شهرسازی» و حمل‌ونقل و همچنین اجرای مواد ۱۰۴ و ۱۰۵ قانون برنامه هفتم پیشرفت، عدم تحقق ادغام یا تفکیک واقعی در گذشته و فقدان ترسیم دقیق وظایف و اختیارات وزارتخانه‌های مربوطه، ترسیم نقشه راه، شیوه انجام این فرآیند و گذار از ساختار فعلی به ساختار جدید نیازمند برنامه اجرایی جامع و هماهنگ است که با محوریت وزارت راه و شهرسازی، وزارت کشور، سازمان برنامه و بودجه و سازمان اداری و استخدامی کشور تدوین شود تا در چارچوب این همکاری‌ها، تحولی اساسی در سیاست‌گذاری و مدیریت اجرایی رقم بخورد. همچنین ابعاد مختلف آن از جمله موضوعات تخصصی، نهادی و سازمانی، مالی، نیروی انسانی و زیرساخت‌های فنی و خدماتی را دربرگیرد. همزمان به نظر می‌رسد همسو با مواد ۱۰۴ و ۱۰۵ برنامه هفتم پیشرفت، سیاست‌های کلی و قوانین دائمی، باید با تمرکززدایی و تفویض اختیارات بیشتر از مرکز به پیرامون (استان‌ها و شهرستان و شهرها) مدنظر باشد.
براساس این گزارش، در تفکیک و تشکیل وزارتخانه‌های جدید با بازساماندهی افقی و تشکیل وزارت متمرکز در حوزه مسکن، شهرسازی و مدیریت شهری، وزارت متمرکز در امور حمل‌ونقل درون و برون شهری و بین‌المللی را می‌توان یکی از مصادیق تحقق ماده ۱۰۴ برنامه هفتم پیشرفت دانست که با بازساماندهی عمودی، توانمندسازی و تفویض گسترده امور به مدیریت استانی و شهرستانی و تحقق مدیریت جامع شهری ذیل ماده ۱۰۵ برنامه هفتم پیشرفت و مدیریت روستایی موضوع ماده ۵۱ برنامه هفتم پیشرفت، می‌تواند تحول ساختاری و اداری شگرفی در کشور دانست. ضمن آنکه ظرف زمانی در بحبوحه ناترازی‌ها و کسری بودجه و ظرف مکانی در تحولات منطقه‌ای و جهانی باید در بررسی‌های هزینه و فایده طرح به نحو مقتضی لحاظ گردد تا فرایند اجرایی این قانون در بهترین زمان با بیشترین اثربخشی و کمترین تبعات صورت پذیرد. همچنین مبتنی بر تجارب عام ادغام و تفکیک‌های اداری، شکی نیست که در کوتاه مدت تبعات اداری و اجرایی تفکیک بر عملکرد و حوزه اجرایی نیز اثرگذار خواهد بود و این مهم نیز در فرایند پیشنهادی باید مدنظر قرار گیرد.
گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس تصریح می‌کند که مبتنی بر پژوهش‌های جاری دفتر مطالعات زیربنایی مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی در تجارب جهانی، تحولات و نگرش‌های روز و آینده در وظایف، ماموریت‌ها، عناوین، معاونت‌ها و مدیریت‌ها منعکس گردد. همچنین ادغام صورت پذیرفته در سال ۱۳۹۰ هم‌افزایی‌های محتوایی و فرایندی و آثار مثبت بین دو حوزه مسکن و شهرسازی و حمل‌ونقل نیز به همراه داشته که البته به نظر می‌رسد الزاماً این آثار و هم‌افزایی با تفکیک اصولی مبتنی بر بازآرایی و بازسازماندهی از دست نخواهد رفت. ضمن اینکه مبتنی بر بررسی طیف نظرات کارشناسی بر مبنای حوزه‌های فعالیت، مخالفت با تداوم وضع موجود وزارتخانه در بدنه کارشناسی رشته و حرفه و بخش خصوصی در حوزه حمل‌ونقل بیشتر و در حوزه مسکن و شهرسازی کمتر است.
گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس تاکید دارد که در تشکیل وزارت جدید مسکن، شهرسازی و مدیریت شهری و وزارت جدید حمل‌ونقل باید توجه داشت که اجرای هرگونه تصمیم در این زمینه باید با هدف کاهش هزینه‌های مالی و بهبود تخصیص منابع بر اساس یک برنامه و راهبرد مشخص صورت گیرد. علاوه بر این، باید برنامه‌ریزی دقیقی برای به حداقل رساندن هزینه‌های زمانی ناشی از تغییرات ساختاری، استقرار نیروهای جدید، جلسات هماهنگی بین معاونین و مسئولین حوزه‌ها و سایر امور مورد نیاز انجام گیرد.
همچنین تشریح دقیق شرح خدمات و وظایف هر حوزه برای جلوگیری از اجتناب برخی از دستگاه‌ها از مسئولیت‌های خود و افزایش هم‌افزایی در تصمیم‌گیری‌ها و برنامه‌ها امری ضروری است.
در نهایت باید از بازگشت به فرآیندهای اداری اضافی و اصلاح ساختارهای ناکارآمد که منجر به افزایش بروکراسی، سرگردانی پروژه‌ها و در نهایت بزرگ شدن دولت می‌شود، جلوگیری شود.
